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鸟类起源于恐龙的观点虽然已经获得了古生物学界的广泛承认，但仍然有鸟类学家对此提出质疑，并坚持传统的鸟类起源于三叠纪的槽齿类爬行动物的假说。 他们认为兽脚类恐龙与鸟类的相似性仅仅是表面上的，是不同门类的生物由于生活环境和生活习性的相似而出现的演化结果。如中生代的鱼龙、现代的鲸和鱼，它们相互之间的亲缘关系很远，但由于都生活在水里，适应游泳生活，所以形成了非常相似的体形。 鸟类的翼与兽脚类的前肢虽然都有三指，但实际是不同的，兽脚类是第1、2、3指（第4指和第5指已消失），而鸟类则是第2、3、4指（第1指和第5指已消失）。他们认为兽脚类已经消失的第4指不可能再重新获得而进化成为鸟类的第4指。 还有就是认为与鸟类具有很多相似之处的小型兽脚类恐龙出现较晚，只可以追溯到大约1.15亿年以前，而始祖鸟则生活在1.5亿年以前，所以这些小型兽脚类不可能是鸟类的祖先。 此外，兽脚类的锁骨与鸟类的叉骨不相像，鸟类复杂的肺脏不可能起源于兽脚类的肺脏也都是反对者的理由。 然而，反对鸟类起源于小型兽脚类恐龙的科学家也没有能够找到与鸟类相似的、有可能是鸟类祖先的三叠纪时期具体的槽齿类动物。 看来，鸟类起源于小型兽脚类恐龙的假说虽然在古生物学界占了上风，但也还没有得到科学界完全的公认，这个学术争论还将继续下去。但是，随着更多证据的发现和更深入的研究，相信不需要太长的时间，鸟类起源的自然之谜必将会被揭晓，被我们人类最终认识。
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