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鸟类与兽脚类恐龙有着密切的亲缘关系的观点提出后，引起了很大的争议。有人认为，巨齿龙和鸵鸟后肢的相似性是因为这两种动物都是大体型的两足动物，是他们具有相似的使用下肢的方式形成的。 后来，直到上世纪初，由于在兽脚类恐龙身上都没有发现锁骨，所以有人又认为兽脚类恐龙显然缺乏锁骨，而鸟类不仅有锁骨，而且左右两根锁骨已融合成一块叉骨，所以，兽脚类恐龙不可能进化成鸟类。由于其它爬行动物有锁骨，所以提出鸟类的祖先一定是由一种更为古老而有锁骨的爬行动物进化而来的，因为根据生物进化理论中的不可逆性，兽脚类失去了的锁骨不可能在进化过程中重新获得。 可在20世纪20年代和30年代，新的发现逐步推翻了兽脚类恐龙没有锁骨的观点，发现在一些小型的兽脚类恐龙的遗骸中保存有完整的锁骨。20世纪60年代末，美国耶鲁大学的古生物学家约翰.H.奥斯特龙描述了属于兽脚类的恐爪龙的骨骼解剖特征。这是一种有镰刀形爪子的食肉恐龙，体形约有青年人大小，大约生活在1.15亿年前白垩纪早期的美国蒙大拿州。70年代，奥斯特龙发表了一系列论著，找出了鉴别鸟类（包括始祖鸟）和恐龙，以及其它兽脚类恐龙都有而别的爬行动物却没有的一组特征。基于上述研究结果，他得出结论说，鸟类直接起源于小型的兽足类恐龙。 紧接着八十年代，有科学家将奥斯特龙的比较特征及其它许多特征用新的生物系统分类方法——分枝系统法，对鸟类、恐龙及与之有亲缘关系的爬行动物进行研究，得出了与奥斯特龙同样的结论：鸟类起源于小型的兽脚类恐龙。
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